Solid Sun é o nome dado ao incidente de 2014 na América do Sul, quando Liquid Ocelot continuou os preparativos para sua revolta armada contra os Patriotas. Solid Snake e Hal Emmerich iniciaram uma missão de resgate para a geneticista Doutora Naomi Hunter, que auxiliava Liquid em suas tentativas de hackear o Sistema Sons of the Patriots.
Depois de se recuperar da crise que sofreu no Oriente Médio, Snake acorda de volta a bordo do Nomad. No avião, Otacon conta sobre uma mensagem de vídeo enviada por Naomi através de um antigo endereço eletrônico dele. Snake relembra ter visto Naomi no acampamento de Liquid Ocelot e amostras do DNA da cientista foram encontradas em uma seringa que estava no local. A mensagem é um pedido de resgate, além de uma explicação sobre o sistema SOP e o seu uso de nanomáquinas de terceira geração. Ela também fala sobre sua participação indireta na criação do sistema, pois foi quem desenvolveu as nanomáquinas da primeira geração. Naomi ainda diz que Liquid Ocelot tem lhe obrigado a cooperar porque ela foi a criadora do FOXDIE e o sistema SOP é derivado desse vírus. A mensagem enviada ainda inclui um mapa da base da CMP de Liquid na América do Sul onde ela está presa, mas Otacon e Sunny precisam rastrear novamente a origem pois o endereço de envio era falso. Uma mensagem de Roy Campbell confirma que forças de Liquid operam na região com uma das companhias, a Pieuvre Armement, que tem agido como o grupo que comanda o país de fato depois que o regime que a contratou terminou em ruínas. Além disso, Campbell fala sobre a prisão de Naomi depois do Incidente de Shadow Moses e sua fuga, que ele acredita ter sido obra de Liquid Ocelot. Campbell também explica que Meryl Silverburgh deixou o Oriente Médio e está na caça de Liquid por conta própria, além de informar que o governo americano está ciente das ações de Snake e Ocelot e do envolvimento dele próprio. Ainda assim, Naomi é a única pista que eles possuem. Roy Campbell dá permissão para que o Nomad pouse no Aeroporto El Dorado na Colômbia com Snake já com um emprego de fachada como inspetor da ONU. Além disso, ele consegue para Snake um veículo 4x4 assim que o avião pousa para que o agente possa chegar o mais próximo possível do perímetro de segurança da Pieuvre Armament, já que após isso a missão passa a ser uma infiltração solo. Por conta da batalha ainda constante entre a Pieuvre Armament e os rebeldes locais, Roy Campbell acredita que será mais fácil para Snake entrar no complexo. Sunny consegue rastrear o local de origem da mensagem e a viagem para a América do Sul tem início.
Batalha nas Montanhas
Depois de chegar ao perímetro de segurança com o 4x4, Snake avança pela selva com ajuda de sua OctoCamo. Ele entra em contato com Roy Campbell enquanto atravessa a floresta e pergunta sobre a verdadeira identidade dos fundadores dos Patriotas, já que os dados encontrados no Arsenal Gear eram inúteis e indicavam que eles estavam mortos há mais de 100 anos. Já que o Sistema SOP se encaixa nos planos dos Patriotas de controle global das informações, Snake e Campbell concluem que a rebelião de Liquid está voltada a destruí-lo. Snake sente que não importa se será Liquid ou os Patriotas que vencerão, já que o mundo vai perder de qualquer forma e acredita que o sistema deve mesmo ser destruído. Porém, Campbell relembra Snake de que o Sistema é a única coisa que permite que ocorra uma relativa paz mundial. Por conta disso, Snake e Campbell concluem que o Sistema precisa ser preservado para manter a sociedade e a civilização moderna, o que significa que as ambições de Liquid precisam ser impedidas.
Ao chegar ao centro da base de Liquid na América do Sul, Snake testemunha o caos surgir enquanto se mantém escondido. Quando soldados rebeldes capturados estão sendo levados por forças da Pieuvre Armement, a Laughing Octopus surge das sombras e começa a massacrar todos eles com um rosto idêntico ao de Snake. Quando apenas um rebelde sobrevive, ela diz para ele relembrar daquele rosto como o homem que matou seus companheiros e lhe deixou viver. Para surpresa de Snake e Otacon, Vamp também aparece no local e vai embora de blindado ao lado de Octopus depois de não conseguir encontrar Snake.
Snake avança no território e Otacon admite que sua OctoCamo foi baseada em projetos da DARPA que Sunny encontrou na internet e que Laughing Octopus pode estar usando algo parecido. Snake também considera que pode ter se aposentado muito cedo quando descobre que Mei Ling foi promovida a capitã do navio USS Missouri, mas ele sabe que já não tinha o que aprender. Quando Snake chega ao centro do campo de batalha onde CMPs e rebeldes estão lutando, ele recebe uma chamada de Codec de Campbell. Ele apresenta Snake para uma antiga integrante de uma Unidade de Estresse em Combate que é reconhecida como Rosemary, a ex-noiva de Raiden e analista de dados durante o Incidente em Big Shell. Snake logo percebe que Rose é a nova esposa de Campbell, o que explica porque Meryl Silverburgh demonstrou tanta hostilidade com relação ao seu pai.
Depois de avançar mais no território, Snake recebe outra chamada, dessa vez do próprio Raiden, que alega estar muito perto. Ele diz que foi enviado recentemente em uma missão por Big Mama para recuperar os restos mortais de Big Boss, mas a ligação precisa ser interrompida por conta de um tiroteio do lado de Raiden. Snake liga para Rose e descobre que depois do Incidente em Big Shell, ela e Raiden ficaram juntos, mas as memórias dele começaram a reaparecer, fizeram ele começar a chegar tarde em casa, ficar bêbado e entrar em lutas, antes de finalmente partir, o que também explica porque Rose se casou com Campbell. Snake então encontra Drebin novamente, e ele explica sobre a Unidade Bela e Fera, além de revelar que os Patriotas são apenas um sistema de Inteligências Artificiais, e que o termo La-Li-Lu-Le-Lo é usado por nanomáquinas para impedir as pessoas de usarem seus nomes. Nesse momento, o macaco de estimação de Drebin, o Little Gray, rouba um cigarro de Snake. Quando Snake se prepara para partir, ele tenta pegar outro cigarro, tendo ficado aparentemente viciado, mas Drebin se recusa a lhe dar mais um.
Mansão Vista
Ao se infiltrar na Mansão Vista, que está sob o certo das forças rebeldes, Snake encontra Naomi em um prédio de pesquisas, atrás do casarão, através de uma passagem subterrânea. Naomi, ao ver Snake, explica que não há guardas presentes, já que eles sabem que ela é inofensiva. Porém, antes que eles possam partir, Naomi insiste em dar uma examinada médica total em Snake. Depois dos testes, ela identifica a causa do envelhecimento acelerado e revela que é incurável, pois é assim que ele foi desenvolvido como um clone. Naomi também descobre que o vírus FOXDIE, que ela injetou em Snake quase uma década atrás, sofreu mutações. Como não havia mais alvos para o vírus atacar, ele passou a circular pelo corpo de Snake desde então. Os receptores do vírus começaram a falhar e é uma questão de meses até que o FOXDIE se torne uma ameaça para outras pessoas. Naomi acredita que Snake possui meio ano de vida, mas apenas três meses antes que o FOXDIE comece a atacar outras pessoas indiscriminadamente. Snake pergunta o que aconteceria se ele tirasse a própria vida antes desse prazo e ela diz que o FOXDIE morreria com ele. Ela também descobre uma nova versão do FOXDIE que foi injetada recentemente em Snake, o que faz ele imediatamente desconfiar que Drebin 893 foi o responsável.
Além disso, Naomi explica para Snake o que realmente aconteceu no Oriente Médio. Com Liquid tentando desativar o Sistema SOP dentro dos soldados de suas CMPs, a liberdade repentina se mostrou muito forte para que suas mentes suportassem e todos ficaram loucos por conta de suas emoções que estavam suprimidas. Liquid queria remover o sistema completamente, mas os resultados no Oriente Médio o forçaram a mudar os planos. Agora ele quer assumir o controle do Sistema e derrubar os Patriotas, mas ele vai precisar do DNA de Big Boss para conseguir.
Laughing Octopus
Logo depois, ela começa a sofrer com muita dor. Tropas da CMP Pieuvre Armement invadem o prédio e agarram Naomi, dizendo que ela não está mais segura ali. Antes que Snake possa ir atrás dela, ele é cercado por uma equipe de FROGS comandada por Laughing Octopus, que é derrotada por ele. Pouco depois, Drebin entra em contato interessado em adquirir a FaceCamo de Octopus, mas Snake o acusa de injetar o FOXDIE em seu corpo. Drebin admite que estava espionando Snake, mas nega ter injetado o vírus. Ele explica rapidamente a história de Laughing Octopus, jogando alguma luz sobre seu stress pós-traumático que lhe forçou a se tornar uma “fera da guerra”.
Fuga
Com a ajuda de algumas dicas de Raiden, Snake rastreia Naomi até um heliporto onde ela está sendo colocada em um helicóptero sob a supervisão de Vamp. Snake atira na cabeça de Vamp e os soldados da Pieuvre Armement devolvem o fogo. Enquanto isso, os soldados a bordo do helicóptero tomam injeções para diminuir os efeitos do desligamento do Sistema SOP, já que Liquid está perto de tentar acesso pela segunda vez. Pouco depois, os outros soldados começam a sofrer com os mesmos efeitos que atingiram os CMPs no Oriente Médio. Quando parece que Naomi está perdida, Drebin consegue resgatá-la ao lado de Snake em seu blindado. Com Drebin no volante e Snake no comando da arma no teto do veículo, o grupo consegue escapar.
Sangue Branco
O blindado de Drebin chega até um vilarejo onde civis correm para se esconder de um ataque de Gekkos. O blindado sofre um acidente e o grupo é cercado pelos drones. Porém, Raiden aparece e começa a lutar contra os Gekkos, revelando que agora é um ciborgue ninja. Ele termina imobilizado pelos robôs no momento em que Vamp chega ao local. Vamp corta Raiden com sua faca e percebe que ele não parece sentir dor. Raiden diz que não é imortal, mas não tem medo da morte. Snake atira nas cordas e liberta Raiden, que destrói os Gekkos antes de enfrentar Vamp. A luta se torna muito intensa e termina quando Raiden perfura a si mesmo para atingir o inimigo. Vamp é derrotado e desaba, mas não sem antes questionar se Raiden será o responsável por finalmente matá-lo. Snake e Naomi fogem com o Metal Gear Mk II no helicóptero de Otacon e resgatam o ferido Raiden no caminho. Enquanto isso, Vamp se recupera de seus ferimentos e liga para Liquid Ocelot para perguntar se foi uma boa ideia deixar Naomi escapar. Ocelot responde que tudo faz parte do plano. O DNA de Solid Snake não foi suficiente para invadir o Sistema porque não é puro o suficiente, o que faz com que Liquid diga que precisará encontrar outra forma. Depois que Snake e Otacon testemunham Vamp reviver, Naomi admite que o segredo para a imortalidade de Vamp é uma base de nanomáquinas que permitem que ele se regenere em uma velocidade maior que a normal. Ela mesma desenvolveu essa base de nanomáquinas, mas foi outra pessoa que aperfeiçoou o sistema. Raiden consegue passar uma única instrução para Snake antes de desmaiar completamente: “Vá encontrar Big Mama”.
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