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El retrovirus FOXDIE fue desarrollado por Naomi Hunter, pero el concepto clave del diseño estaba bajo el control de la CIA, que lo utilizaba en formas diferentes.
Virus Foxdie
Drebin utiliza una nueva variedad de FOXDIE en Solid Snake. Este nuevo FOXDIE toma el lugar del FOXDIE mutado, minimizando sus efectos hasta sustituirlo completamente, además este nuevo FOXDIE está diseñado para matar a todos los ex-Patriots, esto explica la muerte de Ocelot y EVA. Big Boss le explica a Solid Snake que este virus reemplazará al otro, pero solo mientras Solid Snake esté vivo, después que muera el antiguo FOXDIE empezará a reproducirse de nuevo. Luego, Big Boss muere a causa de este virus.