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Nanomáquina es el término general que se utiliza para referirse a las nanómáquinas que varían entre un micometro (un milésimo del milímetro) y un nanómetro (1/1000000 del milímetro) y que utilizan la tecnología MEMS (sistemas microelectromecánicos). Un ejemplo de una nanomáquina sería el agregado de una proteína que se pareciera a la estructura de un motor fabricado por el hombre utilizando biomoléculas como el ADN, proteínas y partes resinosas.
En el Incidente de Shadow Moses[]
Durante el Incidente de la isla de Shadow Moses, Naomi Hunter inyectó nanomáquinas en el cuerpo de Solid Snake: una nanomáquina para propocionar y administrar adrenalina, nutrientes, azúcares, nootrópico y benzedrina, otra nanomáquina para recargar la batería del aparato de comunicación y otra más para infectar su cuerpo con FOXDIE.
Las nanomáquinas también pueden limitar las acciónes de su anfitrión (como disparar un arma) y estimular las fibras musculosas utilizando motilidad ciliar.
En el Incidente de Manhattan[]
Cuatro años más tarde, las nanomáquinas de segunda generación que fueron inyectadas en el cuerpo de Raiden, que había conseguido infiltrarse con éxito en solitario en el Big Shell, eran más modernas y sus funciones simultáneas como terminales de red habían sido mejoradas. Las nanómáquinas también llevaban a cabo funciones como conectarse en remoto a terminales y nodos conectados a la red de soporte operativo del Big Shell, funciones de comunicación dentro del cuerpo, la creación dinámica de alucientes a través de nanómáquinas intracraneales y la comprobación y gestión remota de los signos vitales (SV).
También aumentó el número de personas con nanomáquinas implantadas, y casi todo el mundo relacionado con los Patriots o bajo su control directo había sido inyectado con nanomáquinas.
En Guns of the Patriots[]
Cinco años después de la ocupación del Big Shell, AT Security consiguió desarrollar nanomáquinas más complejas y con más funciones. También se amplió el abanico de gente a la que se le inyectaron: ejércitos normales de fuerzas aliadas personal militar americano, soldados de las PMCs y organizaciones públicas como agencias policiales. Las nanomáquinas, que en el pasado habían sido diseñadas para controlar a individuos, ahora se utilizaban como herramientas para controlar a grupos u organizaciones. Además, en las nanómáquinas que se utilizaban en el sistema de control "Sons of the Patriots (SOP)", se graba el ID del usuario, para regular y autorizar el uso de las armas de fuego a través de ID. Las nanomáquinas están diseñadas para ser utilizadas a presión atmosférica 1. Por lo tanto, no funcionarán bien en zonas con presión atmosférica baja como en montañas altas, y la segregación de sustancias neurales disminuirá debido a los cambios de concentración de oxígeno en la sangre. Por lo tanto, los soldados PMC en las regiones montañosas de Sudamérica, luchan en un estado de intoxicación debido al exceso de segregación de anestesia neural de las nanomáquinas. Las nanomaquinas ayudaron a la RAT PT TM 01 en el Medio Oeste filtrando el agua que tomaban, además de otros beneficios.