FOXDIE es un virus que se transmite por el aire. Tiene un portador, que es el “origen” del virus y lo transmite (vector) a todo aquel con el que entra en contacto. Su creadora fue la doctora Naomi Hunter, y la persona a la que se lo inyectó fue a Solid Snake.
El plan del gobierno al diseñar este virus era simple: para emergencias como la de la isla Shadow Moses. Creer que Snake conseguiría detener el conflicto era una locura. Por eso le mandaron con el virus en la sangre, para que este eliminase pasivamente a los terroristas y a todo aquel implicado en la creación de Metal Gear REX.
FOXDIE es un tipo de retrovirus que ataca y mata a personas específicas. Accede al organismo por la vía aérea (al inspirar) e infecta los macrófagos (un tipo celular) de la víctima. Luego, si las enzimas específicas de este virus reconocen fragmentos de ADN determinado (los cuales fueron establecidos al fabricarse el virus) se produce la activación del mismo. Una vez activado, FOXDIE induce que los macrófagos infectados produzcan Epsilon-TNF, un tipo de citoquina especial que tiene receptores específicos en las células del corazón y al llegar a éstas por la corriente sanguinea producen su muerte, generando, al matar la totalidad de las células, un infarto. De esta forma, el virus sola mata a aquellas personas cuyo código genético coincide con uno que le haya sido especificado previamente. En la operación de Shadow Moses, se utilizó como vector (ser humano que posee el virus en el organismo y es capaz de transmitirlo, en este caso, al respirar) a Solid Snake, y se diseñó al virus para reconocer frágmentos de ADN específicos de los seis terroristas principales, el jefe de DARPA Donald Anderson y Kenneth Baker, por la información que sabían, y el propio Snake, pues su código genético es muy semejante al de uno de los terroristas, Liquid Snake. Ese era el plan. Pero Revolver Ocelot, que trabaja para el Presidente, no estaba en realidad en el proyecto, y por lo tanto no moriría.
Sin embargo, en 2014 Liquid secuestra a Naomi y la obliga a trabajar en un nuevo virus de “tercera generación” que parece afectar al sistema SOP o bien tiene relación con él. El virus en su origen fue desarrollado por la DIA, bajo la supervisión de Richard Ames, y estuvo congelado hasta que Naomi se les unió, lo que produjo un aumento considerable en el avance del virus. En 2009, durante el Plan S3, Emma crea un virus informático que se basa en lo mismo, solo que con información informática seleccionada. Este virus afectaría a GW.
Luego, en 2014, Drebin le inyecta a Solid Snake un nuevo FOXDIE, que lo reemplazaría. Este nuevo virus mataría a todos los ex Patriots, como EVA y Ocelot.